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S.T.A.L.K.E.R.: Call of Pripyat ist ein Stand-Alone Addon, in dem sich alles um die evakuierte Stadt dreht. Der Titel entführt den Spieler erneut in das Jahr 1986, in dem sich die Katastrophe von Tschernobyl nahe der Stadt Prypjat ereignete. Das Militär hat nach dieser Katastrophe die so genannte "Zone", ein hochgradig verseuchtes Gebiet, abgeriegelt und so genannte S.t.a.l.k.e.r. für die Suche nach einzigartigen Artefakten eingesetzt.

Einer dieser S.t.a.l.k.e.r. ist Agent Alexander Degtyarev, in dessen Rolle der Spieler schlüpfen darf. Sie müssen Nachforschungen über fünf Militärhubschrauber anstellen, die auf mysteriöse Weise verschwunden sind und sich dabei gegen die verschiedenen S.t.a.l.k.e.r.-Fraktionen behaupten.