Booker DeWitt hat eine letzte Chance sein Leben zu retten. Nachdem sich der Veteran der U.S. Kavallerie und Söldner sich mit den falschen Leuten eingelassen hat, gibt es nur einen Ausweg: Booker DeWitt muss das mysteriöse Mädchen Elizabeth retten, die seit ihrer Kindheit in der fliegenden Stadt Columbia gefangen gehalten wird. Abhängig voneinander bilden Booker und Elizabeth schon bald ein schlagkräftiges Team auf ihrem Weg in die Freiheit. Zusammen lernen sie mit einem immer größer werdenden Arsenal an Waffen und Fähigkeiten umzugehen, während sie auf Zeppelinen in den Wolken kämpfen, in halsbrecherischen Fahrten die Sky-Lines hinunterrasen und in den Straßen von Columbia gegen ihre Gegner antreten, um aus der fliegenden Stadt zu entkommen und ihr dunkles Geheimnis zu lüften.
