Die Welt liegt in Crysis 2 in Schutt und Asche. Eine Reihe von Klimakatastrophen hat die gesamte menschliche Gesellschaft bis an den Rand des Zusammenbruchs getrieben und ein gewaltiges Heer von Aliens kehrt auf den blauen Planeten zurück. Die Invasion verfolgt nur ein Ziel: Die Ausrottung der kompletten Menschheit. Als Ausgangspunkt für den Angriff hat die Brut das Herz der Vereinigten Staaten von Amerika gewählt: New York City.
Furchterregende Kreaturen beherrschen die Straßenschluchten vom Big Apple und bahnen sich mit rasender Geschwindigkeit ihren Weg wie eine Epidemie durch die Metropole. Alle Systeme, Elektrizität und Kommunikation, versinken im wilden Chaos. Die Skyline wird zu einer brennenden Ruine. Das ist NYC, wie du es noch nie gesehen hast.
Weder paramilitärische Sicherheitskräfte noch die geballte Macht der US Army können den Invasoren etwas entgegensetzen. Wer sich gegen die Flucht entscheidet, ist unvermeidlich dem Tod geweiht. Um in diesem Inferno zu überleben, bedarf es einer besonderen Technologie, einer Technologie, wie sie selbst von modernsten Militäreinheiten bisher noch nicht eingesetzt wurde.
Nur ein Mann wird über diese Mittel verfügen. Ein Supersoldat, ausgerüstet mit dem Nanosuit 2 – der Kriegstechnologie der Zukunft. Er wird sich der Aufgabe stellen, die Menschheit vor dem Untergang zu bewahren und sich einen Weg durch den Großstadtdschungel von New York bahnen.